La zona en donde posteriormente se desarrolló Valparaíso fue habitada antes de la llegada de los españoles por los changos, pueblo eminentemente pescador que se trasladaba de un lugar a otro según sus necesidades. Contaban con balsas de cuero de lobo para la pesca y se alimentaban, además, de frutos silvestres. El sector que se extendía desde Concón a la Punta Duprat, donde se encuentra el Molo de Abrigo, era conocido por los picunches como Alimapu, que quiere decir tierra arrasada por el fuego; y estrictamente la zona donde posteriormente se desarrolló la ciudad y habitaban los changos era denominada por estos últimos como Quintil.
En medio de su expedición desde Cuzco hasta el fin del mundo, Diego de Almagro recibió noticias de que uno de las barcos que venían con abastecimientos, el Santiaguillo, alcanzó una rada que se encontraba a veinte leguas del caserío indígena Cancanicagua, hoy San Felipe. Para reconocer el sitio donde había llegado la nave, Almagro mandó al capitán Juan de Saavedra junto a treinta hombres, quienes dieron con el barco en los primeros días de septiembre de 1536. Saavedra denominó a la bahía en donde encontró a la embarcación como Valparaíso, en honor a su ciudad natal: Valparaíso de Arriba, España. Días después Almagro llegó al valle de Quintil, en donde ordenó reparar el barco para así acompañar por el litoral la expedición de Gómez de Alvarado al estrecho de Magallanes. Esta expedición fracasó y prontamente Almagro con sus hombres decidieron regresar a Perú.
Luego de la fundación de Santiago de Nueva Extremadura en 1541 por el conquistador extremeño Pedro de Valdivia, dos barcos llegaron a Valparaíso el año 1543 con provisiones en socorro del conquistador, y en 1544 arribó la nave San Pedro, comandada por el genovés Juan Bautista Pastene. Valdivia se reunió con el navegante, nombrándolo su lugar teniente en el mar y designando oficialmente a Valparaíso como puerto natural de la ciudad de Santiago, a través de una carta poder escrita el 3 de septiembre de 1544.
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