La comuna fue creada el 8 de septiembre de 1970 con el nombre de Los Cóndores, con parte de las comunas de Pisagua y Huara. En 1979 pasó a denominarse Colchane, situándose a los pies de imponentes montes y volcanes como el Tata Sabaya o el Isluga. Fue creado con propósitos político-administrativos (establecer una población permanente y controlar la frontera chileno-boliviana) en la década de 1970. Actualmente es sede del municipio homónimo, con retén de carabineros, posta de primeros auxilios, escuela rural básica y aduana de control fronterizo. En el cercano poblado de Cariquima, se encuentra el único aeródromo con pista asfaltada de la zona.
El 13 de junio de 2005 fue para la Región de Tarapacá un momento dramático producido por un fuerte sismo, a lo que se fue sumando la sensación colectiva de frustración y desesperanza ante las pérdidas de construcciones como canales de regadíos, casas, escuelas, etc. A ello también se sumó la pérdida del patrimonio religioso, que no sólo es la pérdida de la materialidad; sino que lo que ello significa para la identidad del pueblo, de su historia y de su fe, ligada a estos templos construidos por el esfuerzo de tantas generaciones a lo largo de la historia de la región, como también para el patrimonio de la humanidad, por ser templos de data hispánica.
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