La zona que hoy conforma la comuna fue poblada desde el 4000 AC por indígenas picunches, a los que luego se agregó la colonización inca. En 1782, se crea el poblado de San José de Cuyuname en el lugar donde hoy se levanta el pueblo. En 1835, a raíz de un fuerte sismo, se autoriza la creación de una parroquia en ese lugar, al tiempo que Agustín Quintana, entonces inspector del sector de Junquillar, inició las gestiones para rehacer el poblado, al cual se le dio el nombre actual de Empedrado. En 1891, se crea la Municipalidad de Empedrado, en las subdelegaciones 5a Empedrado y 6a Purapel del Departamento de Constitución. También se crea la Municipalidad de Nirivilo, en las subdelegaciones 7a El Morro y 8a Nirivilo del Departamento de Constitución. Con el DFL 8583 del 30 de diciembre de 1927, se suprime la Municipalidad de Nirivilo, que pasa a integrar la creada comuna y subdelegación de Empedrado, que comprende las antiguas subdelegaciones: 5.a, Empedrado; 6.a, Purapel; 7.a, El Morro, y 8.a, Nirivilo.
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