La fecha de fundación de Puerto Varas no es clara, pero sus inicios se remontan al año 1853, cuando una serie de acciones llevadas a cabo por el Gobierno, pretendían incorporar territorios deshabitados de la zona sur al resto del país. Al ser creado el Territorio de Colonización del Lago Llanquihue por Decreto Supremo emanado por el Ministerio del Interior de Chile con fecha 27 de junio de 1853, se comienza con un paulatino poblamiento de la zona con inmigrantes venidos principalmente de Alemania y Austria. Por tanto a fines de ese año llegaron los primeros colonos alemanes que se instalaron a orillas del lago Llanquihue, quienes arribaron al sector de La Fábrica, lugar donde terminaba el camino desde Melipulli (actual Puerto Montt).
La comuna como tal fue creada el 30 de diciembre de 1925 por el D.S. N°8583 del Ministerio del Interior de Chile.
En la década de 1960, gracias al mejoramiento de la Ruta 5, Puerto Varas mejoró enormemente su conexión con el resto del territorio chileno [4].
Entre 2002 y 2005 existió en la comuna la Universidad de Puerto Varas, que cerró sus puertas luego de que se le retirara el reconocimiento gubernamental y fuera absorbida por la Universidad San Sebastián.
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