En Fresia tuvo lugar un importante acontecimiento histórico relacionado con la Independencia de Chile. El 6 de Marzo de 1820, en la hacienda "El Toro", ubicada en el sector denominado Polizones, se enfrentaron en un combate las fuerzas patriotas contra las fuerzas realistas, que huían de Valdivia hacia Chiloé, luego de que los patriotas lograran tomar Valdivia comandados por el Almirante Lord Thomas Cochrane. Esta persecución terminó con el triunfo de los patriotas, quienes casi aniquilaron a los realistas en fuga, los sobrevivientes lograron huir y refugiarse en el Archipiélago de Chiloé, último bastión español en América que seria conquistado seis años después.
La comuna de Fresia fue creada en 1927 bajo el primer gobierno de Carlos Ibáñez del Campo, quien como parte de su programa de gobierno, impulsaba una nueva división política administrativa del país, con el fin de responder a las necesidades de sectores que adquirían creciente importancia. De esta manera, el 30 de diciembre de 1927 el Presidente Ibáñez firmó el decreto Nº 8.583, creándose la comuna de Fresia pasando a ser una comuna independiente el 31 de diciembre de 1927. Hasta entonces, había dependido de Maullín y de la Intendencia de Chiloé.
Acogiendo una petición del Intendente de Chiloé, don Emilio Günther, el Presidente Ibáñez nombra a la primera Junta de Vecinos "para que tenga a su cargo la administración de los servicios municipales de la comuna de Fresia".
El 13 de febrero de 1928 se conforma la primera junta de vecinos o junta de alcaldes, recayendo la nominación en los vecinos Teodoro Schaefer, Nicolás Añazco y Juan Schnettler.
El primer alcalde elegido democráticamente fue Teodoro Schaefer en el año 1935. A la fecha se han desempeñado 20 alcaldes.
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