Hualqui fue fundada por el catalán Manuel de Amat y Juniet, Gobernador de Chile entre 1755 y 1761, en el lugar donde había estado el Fuerte Hualqui.
La Villa de San Juan Bautista de Hualqui fue capital de la Provincia o Corregimiento de Puchacay.3 Éste se convirtió en 1786 en Partido de Puchacay, dependiente de la Intendencia de Concepción hasta 1799, cuando el partido fue cambiado a Villa San Antonio de la Florida.
Después de lograda la independencia de Chile, la región más afectada del país se encontraba en la Provincia de Concepción, diezmada por la Guerra a Muerte encabezada por Vicente Benavides. Muchos episodios sangrientos tuvieron como escenario al poblado de Hualqui.
El hambre, las enfermedades, y la postración económica derivada del abandono gubernamental, dieron lugar a la gestación de un grupo de vecinos que organizó un movimiento de rebelión destinado a remplazar a las autoridades establecidas y dejar a Hualqui bajo la administración exclusiva de las autoridades locales, previamente elegidos.
El hecho no paso inadvertido para el gobierno chileno, siendo necesario enviar un batallón del ejército de Concepción con objeto de frustrar el movimiento revolucionario que amenazaba la estabilidad del gobierno interior.[cita requerida]
Luego, pasó a depender del Departamento de Concepción. En 1891, con el Decreto de Creación de Municipalidades, se crea la Municipalidad de Hualqui, cuyo territorio eran las subdelegaciones 5a de Chiguayante, 6a de Nonquén y 7a de Hualqui, del Departamento de Concepción, con los límites que le asigna el decreto de 15 de junio de 1888. Su sede es Gualqui.
En 1925, se crea la Municipalidad de Chiguayante, segregándose las subdelegaciones respectivas.
El 30 de diciembre de 1927, se dicta el DFL 8582, que crea la nueva Provincia y Departamento de Concepción, y el DFL 8583, define las nuevas comunas y subdelegaciones que los componen. De acuerdo a esto la Comuna-Subdelegación de Hualqui, está compuesta por la antigua subdelegación 7a Hualqui.
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